В марте 1886 года, двадцатилетний племянник писателя Гастон, впал в агрессию, и когда Жюль Верн вернулся домой, Гастон дважды выстрелил в него из пистолета. К счастью, писатель выжил, но вторая пуля, выпущенная Гастоном, попала ему в левую ногу. После происшествия Гастона, обследовали и отправили в психиатрическую больницу. Диагноз до сих пор неизвестен, но большинство исследователей считают, что тот страдал от паранойи или шизофрении. Верн так и не оправился после нападения. Пуля сильно повредила левую ногу, и писатель хромал до конца жизни, а диабет осложнил процесс заживления. Вторичная инфекция оставила его с заметной хромотой, которая сохранялась до самой смерти. Печально и то, что с тех пор Жюль Верн больше не путешествовал, а именно в путешествиях у писателя открывалось вдохновение сильнее всего.
С 20 лет Жюль Верн испытывал внезапные приступы сильной боли в животе. В письмах к членам семьи он часто сообщал о мучительных спазмах желудка. Точного диагноза от врачей он так и не получил. Чтобы облегчить боль, писатель экспериментировал с разными диетами (к примеру, ел только яйца и молочные продукты). Современные исследователи считают, что у писателя мог быть колит или связанное с ним расстройство пищеварения. Но еще тревожнее, чем боли в животе, были эпизоды паралича лица, которых за свою жизнь было пять (когда одна сторона лица внезапно становилась неподвижной). После первого случая врачи провели электростимуляцию лицевого нерва, но пять лет спустя у писателя случился новый приступ, а затем ещё три. В наше время исследователи пришли к выводу, что у него был паралич Белла, (временная форма одностороннего лицевого паралича, вызванного повреждением лицевого нерва). Врачи выдвинули гипотезу, что это было результатом ушных инфекций или воспаления, но точно, что явилось тому причиной не известно. В 50 лет у Верна развился диабет второго типа, и последнее десятилетие жизни здоровье было совсем плохим. Писатель страдал от высокого давления, хронического головокружения, шума в ушах и других недугов, а под конец жизни частично ослеп.